martes, 29 de abril de 2014

La ciencia del bombo publicitario

Recientemente se ha celebrado un congreso con el título de "Hype in science" (Bombo y platillo en ciencia) sobre este tema. Los expertos estuvieron de acuerdo en que habría que implementar un control PPPR (Post Publication Peer Review en sus siglas en inglés y que significa revisión por pares post publicación). Esto evitaría bochornos como la bacteria que sustituía el fósforo por arsénico y temas semejantes.

Rosie Redfield, de la Universidad de British Columbia, desenmascaró el artículo publicado en Science de la bacteria que crecía en el lago Momo y que decían había sustituído el fósforo por arsénico. Por cierto, todavía esperamos que la revista Science se retracte públicamente.
El 28 de Abril se publicó en Nature la siguiente noticia: "Trace-gas metabolic versatility of the facultative methanotroph Methylocella silvestris" (Ver artículo)


El trabajo es interesante a la vez que un poco oportunista ya que se trata de un paliativo a la futura contaminación por metano debida a la extracción de gas metano debido a la fracturación hidraulica. La noticia se filtra a los medios de comunicación y de repente surge un "hype": "Una bacteria contra el cambio climático" como por ejemplo en la noticia que reproduzco abajo:

Con el título de "Una bacteria contra el cambio climático" Se publica en Europa Press el 28 de Abril el siguiente artículo:
 

Las bacterias podrían absorber las emisiones de gases de origen natural y las provocadas por el hombre antes de ser liberadas a la atmósfera y causar el calentamiento global, según una nueva investigación de la Universidad de East Anglia en Norwich, en Norfolk, Inglaterra.
   Los resultados, publicados este lunes en 'Nature', muestran cómo una única cepa bacteriana, 'Methylocella silvestris', que se encuentra en el suelo y otros entornos en todo el mundo puede crecer tanto en el metano como el propano del gas natural.
   Originalmente, se pensó que la capacidad para metabolizar el metano y otros alcanos gaseosos como el propano la hacían diferentes grupos de bacterias, por lo que este nuevo hallazgo es importante porque significa que un tipo de bacterias puede limpiar los componentes del gas natural de manera muy eficiente y reducir la contaminación.
   El hallazgo podrían ayudar a mitigar los efectos de la liberación de gases de efecto invernadero a la atmósfera tanto del gas natural que se filtra del medio ambiente como del que surge de la actividad humana, como la fracturación hidráulica para la extracción de gas no convencional o los derrames de petróleo.
   Los investigadores estudiaron la bacteria 'Methylocella' que se encuentra normalmente en la turba, la tundra y los suelos forestales en el norte de Europa, además de que se ha encontrado entre la comunidad microbiana tras el derrame de petróleo de 'Deepwater Horizon' en 2010. Los autores de este trabajo midieron su capacidad para crecer en metano y otros gases.
   El investigador principal, el profesor Colin Murrell, de la escuela de Ciencias Ambientales de la Universidad de East Anglia, señala: "El gas natural de fuentes geológicas contiene metano, así como grandes cantidades de etano, propano y butano. Hemos demostrado que un microbio puede crecer tanto en metano como en propano a una velocidad similar. Esto se debe a que contiene dos sistemas de enzimas fascinantes que utiliza para aprovechar ambos gases a la vez".
   Según este investigador, esto es muy importante para los entornos expuestos a gas natural, bien de forma natural, como por la actividad humana, puesto que estos microbios pueden desempeñar un papel relevante en la mitigación de los efectos del metano y otros gases antes de que lleguen a la atmósfera.
   "El metano es un potente gas de efecto invernadero que se libera de fuentes naturales, como los humedales, así como de las actividades humanas, incluyendo la gestión de residuos, las industrias de petróleo y gas, la producción de arroz y la ganadería. A nivel mundial, se estima que más de la mitad de las emisiones de metano son artificiales", alerta.
   "Molécula a molécula, el efecto del metano en el calentamiento global es más de 20 veces superior al del dióxido de carbono durante un periodo de tiempo de cien años. Por eso, es muy importante que entendamos cómo se puede eliminar biológicamente en el medio ambiente antes de que se libere a la atmósfera", concluye.

jueves, 24 de abril de 2014

Gary Toranzos: podcast de la ASM en español

mundodelosmicrobiosweblogoEl Mundo de los Microbios es un programa educativo que consta de podcasts semanales dirigidos a mejorar la comprension y apreciacion del rol vital que los microorganismos juegan en nuestro planeta y promover la microbiologia.
El Mundo de los Microbios produce 52 programas unicos anualmente que resaltan los procesos de descubrimiento, cambios historicos en la investigacion, asi como una variedad de carreras cientificas en la industria, academia y el gobierno.
Cada episodio de PodCast incluye segmentos con cientificos de vanguardia y es revisado por un panel de cientificos con peritaje en diferentes campos de investigacion para asegurar la confiabilidad del contenido.

Para conocer a Gary Toranzos, el responsable de este podcast podéis entrar en:

http://www.microbeworld.org/podcasts/mundo-de-los-microbios/sobre-gary-toranzos-ph-d


Os recomiendo el programa dedicado a la Dra Muniesa experta en fagos de la Universitat de Barcelona

http://www.microbeworld.org/podcasts/mundo-de-los-microbios/archives/956-mundo-de-los-microbios-episodio-87

Caracterizando fagos: un fago contra Acinetobacter baumannii (2/2)

El siguiente experimento que hace Hongjiang Yang, que a estas alturas del trabajo está emocionado pensando "Ya tengo paper, ya tengo paper" es ver la estabilidad del virus al pH y al calor. Esto es importante porque en caso de que se utilice el virus en el futuro vía oral, hay que saber como se comportaría frente al ácido del estómago

Figure 6


 Lo que vemos en la gráfica es que cuando se pone el virus a pH5 le mete un viaje al fago que "pa que", es decir, se reduce su viabilidad un 50%. O sea que si se administra por vía oral habría que contrarrestar la acidez estomacal con algún tipo de bicarbonato.

An external file that holds a picture, illustration, etc.
Object name is 1471-2180-10-131-7.jpg
Lo que se ve aquí es que el fago es bastante resistente al calor. 60 min. a 60ª y tan pancho.

El rango de hospedador.

Esto es lo más interesante del trabajo. Prueban distintas cepas de A. baumannii y nada, no las lisa. Es un fago altamente específico. La explicación de esto puede ser que esta bacteria tenga tantos antígenos de membrana que haga que la especificidad sea muy "específica" valga la redundancia. Como esta es la primera cita de un fago contra Acineto el chino se dió prisa en publicar. En 2012, dos años después para publicar en esta misma revista hace falta hacer lo mismo más secuenciar el genoma del virus como se puede ver en la siguiente referencia:

http://download.springer.com/static/pdf/871/art%253A10.1186%252F1471-2180-12-156.pdf?auth66=1398450453_0637db8cc2fdfe9700a245cc42784bf5&ext=.pdf

 Y ya está por hoy, que estoy en Barcelona y no he salido de la habitación. Me voy a correr.

miércoles, 23 de abril de 2014

Caracterizando fagos: un fago contra Acinetobacter baumannii (1/2)

Estoy en Barcelona y en vez de estar en la calle disfrutando del Sant Jordi estoy en la habitación del hotel Praktik leyendo un artículo: Isolation and Characterization of a Virulent Bacteriophage AB1 of Acinetobacter baumannii. Hongjiang Yang, Li Liang, Shuxiang Lin and Shiru Jia.

Lo primero que me sorprendió es que sea la primera referencia de fago contra esta bacteria ¡En 2010!. La revista es BMC Microbiology. El impacto de la revista es de 3.1 que está bien. 

El trabajo no es mucha cosa, aislamiento y caracterización del fago. Siete figuras, una tabla y a correr. No parece muy difícil. 

Lo primero que hacen es identificar Acinetobacter baumannii mediante amplificación de genes de ARN ribosómico de la subunidad 16S por PCR y mandarlos a secuenciar. Ahora que sabemos que tenemos A. baumannii utilizamos estas cepas para aislar el virus según procedimientos estandar.

Figura 1. Aislan el ADN del fago y lo cortan con distintas enzimas de restricción. Gracias a esto sabemos que el fago es de doble cadena de ADN porque sino no lo cortarían las enzimas. Que su ADN tiene alrededor de 46 kilobases.
 



Ahora gracias a este sencillo experimento de análisis de fragmentos de restricción podemos caracterizar a nuestro fago.

Microscopía electrónica, figura 2:









Ahora sabemos que nuestro simpático virus pertenece a la familia Siphoviridade.

La figura 3 no nos dice más que el patrón de bandas de proteínas del virus. Tiene 5 bandas predominantes y seis más, de pesos que van de 14 a 80 kDa.




Y ya aquí como dicen los conductores de autobús de todos los lugares del mundo: AAAAAAAAmos que nos vamos!

En este punto el chino que ha hecho el paper está que lo peta. Aaaaamos que nos vamos!


Ahora determina el MOI, es decir la multiplicidad de infección, que no es otra cosa que una relación de virus respecto a la célula a infectar. Por ejemplo: "Añadir el virus a una MOI de 0.5 unidades formadoras de placa por célula" este párrafo quiere decir que si tenemos 10.000.000 de células añadiremos la mitad de virus 5.000.000. El chino del paper comprueba que poniendo 10.000 veces menos virus que células obtiene la mayor cantidad de progenie de fagos, y decide hacer todos los experimentos con esta relación de fagos/bacteria.

Análisis del efecto del calcio en la tasa de absorción del virus:

Por lo visto los iones calcio estabilizan la absorción del fago (esto no lo sabía)



Al principio todos los fagos están en solución. A medida que pasa el tiempo desaparecen asociados a las membranas de las bacterias. Con calcio un poquito mejor. Se ve que algo ayuda. No es para tirar cohetes pero menos da una piedra.

Bueno pues ahora hay que saber cuanto tiempo se queda el virus dentro de la bacteria y cuando la revienta cuantos fagos "hijos" produce.



Lo que dice la gráfica es que el virus revienta la bacteria a los 20 min. y a la media hora ya están todos fuera y que generan sobre 400 virus por cada bacteria reventada.

Protocolos fagos

http://groups.molbiosci.northwestern.edu/morimoto/research/Protocols/I.%20Prokaryotes/B.%20Phage%20Preparation/1.Bacteriophage%20Prep.pdf

http://digital.csic.es/bitstream/10261/51436/3/RAPD_fagos.pdf

http://www.bakerlab.org/protocols/phage_precipitation.html

http://www.dairyscience.info/index.php/isolation-and-purification-of-bacteriophages.html

http://www.protocol-online.org/cgi-bin/prot/view_cache.cgi?ID=2419

martes, 22 de abril de 2014

La necesidad de publicar a toda costa: el timo de las editoriales rapaces

Jeffrey Beall, de pie en la foto en una de las bibliotecas de la Universidad de Colorado

Los mafiosos lo saben desde siempre. Sólo hace falta buscar una necesidad humana no satisfecha para encontrar un nicho de mercado lucrativo, sobre todo si este nicho de mercado es una estafa y por tanto es una actividad no lícita. Es el caso de la editoriales que se aprovechan de la desesperación de los científicos por publicar. En ciencia hay un dicho: PUBLICA O MUERE. Esta máxima ha creado un nicho de mercado: el de aquellos que se resisten a morir científicamente. Las editoriales rapaces por un precio te publican el artículo que ha sido rechazado en las revistas serias y todos contentos: ellos con tu dinerito en su bolsillo y tu contento con tu nombre en una revista que aparece indexada en el Pubmed y con la que podrás justificar el dinero invertido de tu proyecto o aplicar a una nueva beca... La competitividad es muy sana pero también cría sus monstruos.
La verdad es que en este entrada de el blog "los de abajo a la izquierda" está explicado perféctamente.

En wikipedia hay una entrada en inglés. Lo que haré es traducirla

En la publicación de revistas científicas algunas editoriales y revistas han intentado explotar el modelo de negocio de las editoriales de libre acceso (open-access) publicando los artículos con el único requisito de que el autor pague los gastos de publicación sin que la editorial proporcione los servicios que suelen proporcionar las revistas científicas legítimas. La lista de Beall es una lista de estas publicaciones que se actualiza regularmente por Jeffrey Beall el cual establece los criterios necesarios para incluir las publicaciones rapaces dentro de esta categoría.[1]

Historia de la lista de Beall

El término "predatory open access" (revistas rapaces de libre acceso) fue acuñado en la University of Colorado Denver por el bibliotecario e investigador Jeffrey Beall. Beall empezó a investigar este tipo de revistas rapace, después de recibir un gran número de correos electrónicos invitándole a que enviase artículos o bien invitándole a formar parte del comité editorial de la revista, en revistas que nadie conocía. Esto le llevó a crear la Lista de Beall de revistas rapaces ("Beall's List of Predatory Publishers").[2] Beall también escribió una serie de artículos sobre este tema en el la revista "The Charleston Advisor", una revista bien establecida en su campo y que sigue escrupulosamente el sistema de revisión de pares y que está dedicada a evaluar las fuentes de información en red.[1]

Antes que Beall denunciase este tipo de publicaciones, Phil Davis, un estudiante licenciado por la Universidad de Cornell, destapó este fraude enviando un artículo falso generado por ordenador el cual fue aceptado, pero que su autor retiró a tiempo, previo pago de una tarifa elevada. Hoy en día esa revista está incluida en la Lista de Beall.[3]

Características de las revistas rapaces

  • Aceptan artículos más rápido que las revistas serias con poco o ninguna revisión por pares y ningún control de calidad[4] esto permite que acepten artículos de broma y sin sentido.[3][5]
  • Te informan de los costes de la publicación solo cuando el artículo está aceptado.[4]
  • Hacen campañas agresivas por medio de correo electrónico para que los investigadores envíen sus artículos o para formar parte de su comité editorial.[2]
  • Incluyen a investigadores como miembros de sus comités editoriales sin su permiso,[6] y no les permiten abandonar estos comités fácilmente.[7]
  • Incluyen falsos investigadores en sus comités editoriales.[8]
  • Imitan los nombres o el estilo de las páginas web de revistas consolidadas.[7]
En 2013, la revista Nature informó que la Lista de Beall y su página web eran leídas por los bibliotecarios, investigadores y defensores del libre acceso, muchos de los cuales aplaudían sus esfuerzos por poner de manifiesto prácticas fraudulentas.[2] Beall ha sido amenazado con una demanda por una editorial canadiense incluída en la lista. Esta lista ha sido criticada por algunas organizaciones que representan a las editoriales de libre acceso por fiarse demasiado de las páginas web de las editoriales sin haber contactado directamente con los editores y por incluir en la lista a revistas fundadas recientemente, por tanto sin trayectoria consolidada pero que siguen todas las directrices de las revistas serias. Beall respondió a estas acusaciones publicando los criterios que utiliza para generar esta lista así como instituyendo una revisión por tres personas independientes a los cuales se puede dirigir los editores para tratar de sacar a su publicación de la lista.[2]

Y haciendo clic aquí podéis acceder a la famosa lista.

Referencias
  1. Carl Elliott (June 5, 2012). "On Predatory Publishers: a Q&A With Jeffrey Beall". The Chronicle of Higher Education.
  2. Butler, Declan (March 27, 2013). "Investigating journals: The dark side of publishing". Nature 495 (7442): 433–435. doi:10.1038/495433a. PMID 23538810.
  3. "Open-Access Publisher Appears to Have Accepted Fake Paper From Bogus Center". The Chronicle of Higher Education. June 10, 2009.
  4. Stratford, Michael (March 4, 2012). "'Predatory' Online Journals Lure Scholars Who Are Eager to Publish". The Chronicle of Higher Education.
  5. Gilbert, Natasha (June 15, 2009). "Editor will quit over hoax paper". Nature. doi:10.1038/news.2009.571.
  6. Beall, Jeffrey (August 1, 2012). "Predatory Publishing". The Scientist.
  7. Kolata, Gina (April 7, 2013). "For Scientists, an Exploding World of Pseudo-Academia". The New York Times.
  8. Neumann, Ralf (February 2, 2012). "“Junk Journals” und die “Peter-Panne”". Laborjournal.

lunes, 21 de abril de 2014

Marta de Menezes: una artista de la bacteriología

La artista portuguesa Marta de menezes (Portugal, 1975) une en sus trabajos arte y ciencia (ver martademenezes.com). En su proyecto "Decon" emplea cajas de metacrilato, agar, tintes para textiles, y la bacteria Pseudomonas putida. El proyecto se desarroló en colaboración con la Dra. Ligia Martins, encargada de dirigir el grupo MET en ITQB, Oeiras, Lisboa-

El proyecto investiga el uso de métodos y materiales biotecnológicos como medios artísticos para el desarrollo de unas pinturas que están, literalmente, vivas y que se deconstruyen a sí mismas durante su exposición. Decon emplea bacterias para crear réplicas de las pinturas geométricas de Piet Mondrian. La bacteria Pseudomonas putida va gradualmente degradando los colores de dichas réplicas. En consecuencia, con el transcurso del tiempo, las pinturas de Decon van progresivamente vaciándose de color. Con el fin de facilitar la comprensión de las dinámicas vivas de la obra y de acercar Decon al discurso científico, las pinturas degradadas se exponen junto a la pintura preparada sin bacterias y, por tanto, libre de degradación. Este concepto se conoce científicamente como “grupo de control”.

Decon, 2007-2008
La bacteria Pseudomonas putida degrada paulatinamente los colores de réplicas de Piet Modrian.
La capacidad de esta bacteria para degradar colores ha hecho que Marta de Menezes siga investigando nuevos formatos en donde la bacteria participa en el proceso creativo: http://socialmedia.hpc.unm.edu/?p=1475

Recientemente ha realizado un taller en Santiago de Compostela para explotar la capacidad de contar historias utilizando bacterias. Un acercamiento a la ciencia y el arte muy interesante y a tener en cuenta

marta with final workshop materials
La artista Marta de Menezes con algunas de sus creaciones al final del taller

CRISPR: un sistema "inmune" bacteriano

http://www.plospathogens.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.ppat.1003765


Fantástica app para leer ciencia en el móvil

Hay aplicaciones útiles y las que no, la mayoría. Eso lo notas cuando haces balance de cuales utilizas realmente y cuales no.

https://flipboard.com/section/plos-pearls%3A-bacteria-bALNtl

Este programa permite leer los mejores artículos de bacteriología publicados en abierto en la revista PLOS One. Leer ciencia de manera rápida, sin tener que descargar PDFs "pesados" ya es una realidad.


jueves, 17 de abril de 2014

Bacterias y zombis


rosy periwinkle
Cuando estas flores de Madagascar se infectan por una bacteria, ésta produce unos pétalos que parecen hojas y que atraen a un saltamontes que le sirve a la bacteria para escapar de la planta y conquistar nuevos hospedadores.
En el libro de Carl Zimmer "Parasite rex" aprendimos que la habilidad para convertir a tu hospedador en un zombi que acatase tus órdenes cara a servirle a propagarse era habitual entre los protozoos, las avispas, gusanos, trematodos...

Ahora gracias a un equipo de científicos liderados del Centro John Innes de Norwich, Reino Unido, sabemos que una bacteria también tiene este tipo de habilidades (como no podía ser de otra manera, pensamos los microbiólogos).

Estas bacterias tan espabiladas se llaman Phytoplasmas, y cuando infectan a cierto tipo de plantas convierten sus flores en brotes apetitosos para los saltamontes. Esto esteriliza a la planta, pero eso a Phytoplasma le da igual.
El artículo es muy interesante porque muestra como controlando una proteína la bacteria toma control de la planta y del saltamontes.


En la fotografía se ve como la flor se convierte en una especie de brote verde. En una esquinita se puede ver al bichito comiendo tranquilo inconsciente de que Phytoplasma está entrando en su interior y va a utilizarlo de vector para ir a otro lado.

Para saber más:

http://www.nature.com/news/bacterial-tricks-for-turning-plants-into-zombies-1.15011

miércoles, 16 de abril de 2014

Margulis 3 Neodarwinistas 1 o como la bacteria comecarne se vuelve epidémica

Acaba de publicarse un estudio en PNAS en donde se han secuenciado 3615 cepas de Streptococcus grupo A. Si habéis leído bien 3615 genomas secuenciados. Parece ser que sólo 4 cambios han convertido a esta especie en una epidemia. Pero ¿Qué 4 cambios son esos? 3 adquisiciones genómicas de fagos y una mutación. ¿Adquisiciones genómicas? Pero... ¿Ese no era el título del libro controvertido de Lynn Margulis?

https://31.media.tumblr.com/0ba2d789bc3cb197cc1d87789e939840/tumblr_n01v53fXOb1t3virqo1_500.jpg
Esto es lo que me hace un neodarwinista de pro cuando me oye decir estas cosas.

Podéis leer más aquí sobre esta noticia. A mi no me sorprende nada. Primero la bacteria se vuelve más malota porque adquiere los genomas de dos virus de bacterias, los famosos bacteriófagos, luego aparece una mutación en un gen que codifica una toxina, y por último la adquisición de otro genoma de bacteriófago.
Pese a que ya he dicho que Lynn Margulis en este libro "Adquiring genomes" dice auténticas barbaridades, sobre todo porque no están debidamente demostradas, no podemos obviar que la adquisición de genomas en el mundo bacteriano funciona como mecanismo evolutivo. Ahora bien, Lynn Margulis en este libro asegura que prácticamente no existen las especies bacterianas, que son un continuum de cambios por mutación y adquisiciones horizontales. Bien, este estudio publicado en PNAS y trabajos de Alexander Tomasz en Streptococcus pneumoniae sugieren que la naturaleza clonal de las bacterias es más real que este continuum que sugiere de manera un precipitada Margulis.


Referencia:
Nasser, W. et al. (2014) Evolutionary pathway to increased virulence and epidemic group A Streptococcus disease derived from 3,615 genome sequences. PNAS.


lunes, 14 de abril de 2014

¿Y si los bacteriofagos fuesen probióticos?

Los cocktails de fagos no se aprueban por la FDA y la EMA por varias razones: La filosofía es aprobar un principio activo por medicamento; es muy dificil hacer un ensayo clínico controlado cuando las preparaciones de los fagos no son lo estables que suelen ser los compuestos químicos de síntesis, obviamente más sencillos estructuralmente que un fago, que es una estructura de proteínas y ácidos nucleicos compleja; las compañías farmacéuticas no están interesadas en algo que es difícilmente patentable. Pensad que si uno de estos virus muta tenemos "otro tipo" de virus, y por lo tanto cualquier tipo de patente se invalidaría. Además que es complicado patentar entidades biológicas que se encuentran en la naturaleza.

Pero, ¿Y si los fagos no se considerasen medicamentos y si productos probióticos?. Bien, aunque todavía no han sido considerados como probióticos, los bacteriófagos podrían encasillarse dentro de la definición que da la Organización de Comida y Agricultura de las Naciones Unidas (Food and Agriculture Organization, FAO en sus siglas en inglés): microorganismos vivos los cuales administrados en cantidades adecuadas confieren un beneficio para el hospedador (1).

Los fagos empezaron a utilizarse como antimicrobianos en los años 30 siendo relegados por la aparición de la penicilina, un antibiótico de amplio espectro. En aquel momento la gran especificidad de los fagos fue vista como un problema: era necesario hacer un diagnóstico adecuado para saber qué fago era el más adecuado para atajar la infección. Se trató paliar este problema administrando cócteles de fagos. Posteriormente los antibióticos, debido a su amplio espectro relegaron el uso de fagos en occidente (no así en los países soviéticos).

Pues bien, parece que lo que en principio se pensaba que era su debilidad: la especificidad de los fagos, si los consideramos probióticos entonces podría ser su fortaleza. Ud ingiere estos fagos que eliminarán las bacterias perjudiciales de su intestino sin afectar a las bacterias beneficiosas. Incluso la ingesta habitual de de probioticos basados en fagos podría alterar la flora intestinal a favor de aquellas bacterias que protegiesen de patógenos bacterianos que causan diarrea. Los fagos probióticos podrían ser utilizados profilácticamente en vez de terapeuticamente, aunque claro está que estos fagos profilácticos también podrían actuar terapeuticamente en caso de ser administrados en infecciones bacterianas tempranas.

Debido a su alta especificidad los fagos son herramientas úicas para manipular la composición microbiana del tracto digestivo, mucho mejor que cualquier otra técnica alternativa. Sinceramente creo que aquí se abre una línea de investigación que va a dar muchos frutos en el futuro

Para saber más:

1.- WHO F. Health and nutritional properties of probiotics in food including powder milk with live lactic acid bacteria. Food and Agriculture Organization of the United Nations World Health Organization; 2001.

domingo, 13 de abril de 2014

Fotonovela científica: ¡No laves el pollo!


La idea original es de la Dra Jennifer J. Quinlan de la Drexel University, de Philadelphia. Me encantó el formato. Para según que cosas creo que puede funcionar muy bien.
La mayor parte del mérito es de Xan Domínguez que además de ser un fotógrafo con talento nos ayudó con la composición del las fotografías, y el resultado es ese delicioso pollo al ajillo de la última página. Espero que podáis ayudar con la difusión. La fotonovela viene con vídeo, que podéis verlo aquí.

La mayor parte del mérito es de Xan Domínguez que además de ser un fotógrafo con talento nos ayudó con la composición del las fotografías


miércoles, 2 de abril de 2014

Dime cochinadas (talk dirty to me)


La autora de este vídeo, Picture Gouthami Rao, trabajó en la universidad de Emory con la Dra Levy desde 2010-13 mientras trabajaba en su master. Trabajó en Ecuador ayudando en un proyecto que investigaba los microorganismos portadores de resistencia a antibióticos en el medioambiente y también llevó una investigación independiente estudiando la calidad del agua de los rios. Ella hizo este vídeo para un concurso que promovía la importancia de lavarse las manos para evitar la dispersión de bacterias, especialmente asociadas al uso de los omnipresentes móviles.

martes, 1 de abril de 2014

Descubren tumbas de la peste negra en Londres

Un grupo de Arqueólogos de Reino Unido cree haber resuelto un misterio de 660 años de antigüedad, al hallar mediante análisis de ADN una fosa común con decenas de miles de muertos por la peste negra en el Londres medieval.
El descubrimiento sigue al hallazgo el año pasado de 13 esqueletos envueltos en sudarios durante las excavaciones para la construcción de la vía de tren del Crossrail, el proyecto de infraestructura más grande de Europa.
Los arqueólogos, que dicen que el descubrimiento arroja luz sobre la Inglaterra medieval y sus habitantes, encontraron luego 12 esqueletos más para sumar un total de 25. Seguirán excavando el lugar en julio para averiguar si hay más cuerpos enterrados cerca.
El año pasado dijeron que los restos pertenecían probablemente a víctimas de la plaga que acabó con un tercio de la población de Inglaterra tras el brote de 1348. Registros restringidos sugieren que hasta 50.000 víctimas fueron enterradas en el cementerio del distrito londinense de Farringdon, uno de los dos lugares de enterramiento de emergencia.
Los arqueólogos señalaron que las pruebas de ADN de los dientes de algunos esqueletos tenían rastros de la bacteria Yersinia pestis, responsable de la peste negra, lo que confirmaría la teoría.
"Los análisis del descubrimiento del Crossrail han revelado una extraordinaria cantidad de información para resolver 660 años de misterio", dijo Jay Carver, el arqueólogo principal del Crossrail.
"El descubrimiento es un paso hacia delante enormemente importante para documentar y entender la epidemia más importante de Europa", añadió.
Algunas de las víctimas fueron enterradas entre el 1348 y 1350, y otras a principio de la década de 1400, según mostraron las pruebas de carbono.
Los exámenes de los restos mostraron que 13 de los esqueletos pertenecían a hombres, tres eran mujeres y dos de ellos eran niños. El sexo no pudo ser determinado en el resto de los cuerpos.
También revelaron información acerca de sus vidas. Muchos de ellos tenían afectada seriamente la columna, lo que sugiere que desempeñaron un trabajo manual pesado. Otros tenía heridas en la parte superior del cuerpo, probablemente resultado de altercados violentos.
Una de las víctimas era vegetariana; muchos habían sufrido malnutrición. Los expertos dijeron que el 40% habían crecido fuera de Londres, posiblemente en Escocia, lo que demuestra que, al igual que ahora, la capital británica atraía a gente de todo el país.
Carver dijo que el descubrimiento tenía relevancia en las investigaciones modernas sobre enfermedades.
"Lo que es realmente interesante es reunir todas las pruebas para dibujar una posible idea de lo devastadora que fue la peste negra para el mundo", dijo.
"Historiadores, arqueólogos, microbiólogos y físicos están trabajando juntos para descifrar el origen y el desarrollo de la enfermedad más endémica del mundo y ayudar a los investigadores de las enfermedades modernas y antiguas a entender mejor la evolución de la bacteria", añadió
Crossrail es un proyecto ferroviario de 15.000 millones de libras (unos 18.000 euros) que conecta el este y el oeste de Londres.

¿Los virus pueden ser bacterias?

Apunte: NUNCA preguntes si los virus pueden ser bacterias, o si las proteínas pueden ser genes o cosas así. Los biólogos son muy mirados para esas cosas y alguno puede que vaya armado :)

A veces alguien pregunta este tipo de cosas. Y ese alguien incluso puede que tenga estudios universitarios y tres másteres. Pero  no pasa nada, para eso está este blog, para verter luz en las tinieblas...


Las bacterias son células, de vida libre, es decir se valen ellas solitas para buscarse la vida. Los virus son como 100 veces más pequeños, necesitan una célula donde multiplicarse. Ellos sin una célula no son nadie. Son específicos de unas células determinadas porque básicamente tienen que tener en la superficie una llave para entrar y otra para salir, y ya se sabe que una llave no vale para todas las puertas. De esta manera los bacteriófagos, que son los virus que viven a expensas de las bacterias, sólo entran en su bacteria. Son muy específicos, por ejemplo un virus que entra en Escherichia coli no entra en Salmonella tiphi. La especificidad es tan grande que distinguen entre cepas de bacterias de esta manera matan por ejemplo a la cepa a pero no a la b.

 Los bacteriófagos, o también llamados con la abreviatura de fagos, son las entidades biológicas más abundantes del planeta. Cuando tragas agua de mar en la playa estás tragándote billones de ellos, cualquier cosa que comas tiene fagos. Con el ácido del estómago se mueren la mayoría. Si entran en contacto con las células de nuestro cuerpo no pueden entrar porque su "llave de entrada" es específica para las bacterias.

En la antigua URSS y todavía en la Rusia actual los fagos se utilizan como alternativa a los antibióticos, es decir, puedes ir a la farmacia y comprarte una caja de fagos para una faringitis. En occidente Eli lilly los llegó a comercializar, y los franceses y alemanes también produjeron tabletas de fagos para combatir enfermedades infecciosas. Al ser tan específicos era necesario un buen diagnóstico por parte del médico porque si no sabían qué bacteria era la que producía los síntomas no podían recetar los fagos adecuados y la terapia no servía para nada. Es por eso que en occidente se dejaron de usar por los antibióticos de amplio espectro, es decir, que matan a todas las bacterias, lo cual hace que ante cualquier sospecha de infección los médicos occidentales te receten antibióticos. Su abuso y su uso en las granjas ha seleccionado bacterias multirresistentes a los antibióticos e incluso bacterias que resisten a todo el arsenal de antibióticos de la medicina.

Hoy ya hay muchas voces que están pidiendo estudios para utilizar los fagos en caso de infecciones con bacterias multirresistentes, como son la mayoría de las infecciones producidas por el grupo ESKAPE (Enterococcus faecium,Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumanii, Pseudomonas aeruginosa, y las especies del grupo Enterobacter). Hoy por hoy las terapias con fagos sólo se utilizan en el ámbito veterinario.

Cuando los fagos entran en nuestro cuerpo son eliminados por nuestro sistema inmune, sin embargo si hay bacterias el fago entra y produce 200 copias y revienta la bacteria. Esto produce una reacción en cadena en donde el fago se multiplica exponencialmente acabando con la mayoría de las bacterias en el cuerpo humano.

La FDA y la EMA son reacias a este tipo de terapia porque exigen cócteles de fagos y ellas tienen la filosofía de un medicamento un principio activo. Además los estudios que llevan a cabo son estudios estrictamente controlados y los fagos son estructuras biológicas, no químicas como los antibióticos y por tanto más difíciles de controlar.

Ayer he visto la película "Dallas Buyers Club". La impresión que tengo es que llegados a un punto, cuando nos encontramos con bacterias que ya no se pueden erradicar con antibióticos porque no los hay ¿Quiénes son la FDA y la EMA para prohibir una terapia que funciona?. Está bien que vigiles pero no que decidas directamente sobre mi y mi salud. Pero bueno, ese es otro tipo de debate.

Para saber más: os podéis leer este artículo en español

http://www.redalyc.org/articulo.oa?id=181227534003 
y por supuesto recomiendo el libro "Virus vesus superbugs"que es una lectura amenísima

Vello púbico contra enfermedades venereas

La selección natural lo ha seleccionado por algo. Ahora viene la Academia Española de Dermatología y Venereología (AEDV) a defender la necesidad de mantener el vello íntimo y alerta sobre el peligro de la depilación integral, una moda «absurda» y «sin fundamento», que favorece el contagio de Enfermedades de Transmisión Sexual (ETS). Una cosa si está clara. Con la depilación las ladillas están al borde de la extinción. Lo de "alertar del peligro" es así como muy terminante. Parece que corremos un peligro inminente. Quién nos diera a algunos!. Pero no divaguemos, veamos lo que nos cuentan estos sesudos académicos: «Desde la última moda de depilación púbica en ambos sexos, los dermatólogos asistimos impotentes a un aumento alarmante de las enfermedades de transmisión sexual entre los jóvenes», ha manifestado el doctor Ramón Grimalt, de la AEDV.
La enfermedad que ha registrado un aumento más «espectacular» son los condilomas genitales causados por el virus del papiloma humano (HPV).
«Si se usa de forma adecuada el preservativo y se mantiene el pelo púbico sin rasurar, el riesgo de contagio es casi cero», ha asegurado este dermatólogo, profesor de Dermatología de la Universitat Internacional de Barcelona.
El pelo púbico tiene una función protectora contra el roce inevitable durante las relaciones sexuales. Si los dos miembros de una pareja presentan un pubis sin pelo, cualquier infección que se encuentre encima de la piel de uno de ellos pasará indefectiblemente al compañero sexual.
El preservativo protege de una pequeña parte de las enfermedades de transmisión sexual, pero no protege la zona púbica, ha advertido.
Las pequeñas heridas que se producen encima de la piel púbica permiten a los microorganismos penetrar y crear una infección, condilomas (verrugas, papilomas), herpes (fiebres), emepeines (hongos, tiñas) impétigos (infecciones bacterianas estafilocócicas o estreptocócicas) e incluso la sífilis, «que vuelve a ser habitual en las consultas del dermatólogo».
Según el doctor Grimalt, es necesario que uno de los dos miembros de la pareja mantenga el pelo en la zona central del pubis para evitar el roce directo de piel contra piel.
Por el contrario, recortar el pelo no supone ningún riesgo.